El proyecto Amazonía Joven se llevó a cabo en la cuenca media del Río Caguán, en el norte del Caquetá, en los municipios de San Vicente del Caguán, Puerto Rico y Cartagena del Chairá; y en la zona en donde se ubicó el Espacio Territorial de Capacitación y Reincorporación (ETCR) Oscar Mondragón en las veredas que hacen parte de la Zona de Reserva Campesina Pato Balsillas. La implementación estuvo a cargo de la Corporación Manigua (socio principal), de Acción Cultural Popular – ACPO y la Diócesis de San Vicente del Caguán (co-solicitantes).
El Río Caguán tiene una longitud aproximada de 630 km, de los cuales aproximadamente el 60% constituyen la cuenca media de esta arteria fluvial y que constituye el área en el que se desarrolló el Proyecto. Es un área de una enorme riqueza ambiental, de difícil acceso y tan extenso como la isla de Puerto Rico en el Caribe. El patrón de colonización desde inicios del siglo XX impulsó la conformación de centros poblados mencionados en la ribera del río, algunos de los cuales derivados de la actividad económica local, formal e ilegal, crecieron hasta constituirse en cabeceras municipales de importancia en el Departamento. Los centros poblados más pequeños han logrado sobrevivir a pesar de los impactos de la violencia y el narcotráfico, así como, de la marginalidad territorial.